食用酵素的生产对环境、设备、质量管控都有很高的要求，不是一般家庭自制能实现的。
自制酵素在选材、制作、细菌控制等环节无法做到科学管理，做出来的酵素风险很大，主要有以下四点。
第一、有害微生物滋生
现在市面上很多产品都喜欢加上“天然”“自制”，让大家都以为这一定是健康食品。其实酵素食品制作在设备简陋、方法落后，原料器皿均不在严格无菌环境下操作，发酵过程中容易导致杂菌和致病菌的产生：如大肠杆菌、黄曲霉菌、李斯特菌等。医院毒物科颜宗海医师表示，自制酵素多数会造成有害微生物滋生。发酵过程中一旦遭到霉菌，致病菌和其他有害物质污染，轻则肠胃炎，上吐下泻，重则引起败血症，对健康危害很大。
对发酵各阶段的时间、温度都无法精确控制，导致菌的种类数量以及代谢产物的种类含量都是未知，比如产生有害发酵常产物亚硝酸盐、甲醇等。
乳酸菌在发酵过程中会产生亚硝酸盐，摄入含有亚硝酸盐的酵素，在胃酸和硝酸还原菌作用下产生亚硝胺。
亚硝胺具有强烈的致癌作用，主要引起食管癌、胃癌、肝癌喝大肠癌等。水果含有大量的果胶，而果胶经过微生物发酵作用的一大产物就是甲醇。甲醇对健康的危害是相当大的，这会导致肝脏损害、导致失明，严重的话还可能会危及生命的。对生育也有一定的影响。
第二、糖分含量高
人们普遍在自制酵素时会加入大量的糖，因为糖使得所需要的发酵菌种得以生存并履行发酵分解的职能。而且糖分高的酵素味道更吸引人，一般发酵都会产生大量的有机酸，味道是偏酸的，如果糖加的多一点，就会甜味多一些。
同时自制酵素原材料配比没有严格计算，糖添加也没有严格限量，出品糖分不可计量，不适合控糖人群食用。据世界卫生组织调查得结论：嗜糖之害，甚于吸烟，长期食用含糖量高的食物会使人的寿命明显缩短。饮食当中控糖很关键，根据最新版中国膳食推荐，建议糖摄入量在每天25克以下。
第三、塑料容器风险
自制酵素溶液中含有多种有机醇、有机酸及活性酶，这些液体可能与塑料瓶发生微量反应，导致塑化剂等成分溶解。
第四、器皿“爆炸”危险
自制酵素如果没有及时排出产生的气体，可能有“爆瓶”的危险。
总得来说，自制酵素有风险，食用需谨慎！
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