糖醛酸通常以吡喃糖和呋喃糖形式与它们相应的内酯处于平衡状态。它是动物、植物、微生物代谢的产物。D-半乳糖醛酸是果胶的成分，果胶经酶促水解，可以得到很高收率的D-半乳糖醛酸。D-甘露糖醛酸和L-古罗糖醛酸以结合的形式存在于多种海洋生物如海藻等中，因此也称藻酸。L-艾杜糖醛酸是硫酸软骨素、肝素和其他多糖的成分。
糖醛酸在剧烈的水解条件下，很轻易发生脱羧反应，因此不易从天然资源中分离得到，一般采用酶水解制备。氨基己糖醛酸、2-氨基半乳糖醛酸、2-氨基甘露糖醛酸、2-氨基葡萄糖醛酸也相继从细菌多糖抗原中发现。D-葡萄糖醛酸经醋酸杆菌作用得到戊糖醛酸(D-来苏糖醛酸)。
糖醛酸通常以内酯的形式存在,D-葡萄糖醛酸是呋喃糖-3，6-内酯趋于稳定的状态,称为D-葡萄糖醛酸内酯。D-半乳糖醛酸的呋喃糖要求两个五元环之间是反式连接，因此，3，6-内酯采取吡喃糖型。
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