南瓜果肉中营养成分丰富且全面，果实内含有糖类(包括淀粉、葡萄糖、果胶、果糖、戊聚糖、甘露醇、其它膳食纤维等)、维生素、常量元素、微量元素、蛋白质、多种氨基酸、脂肪等成分。南瓜营养成分以碳水化合物为主，脂肪含量很低，是很好的低脂食品。南瓜含有较丰富的无机盐和微量元素，对维持肌体健康具有极其重要的作用。
南瓜还含有较丰富的钾、钙、镁，而钠含量较低，微量元素硒、铁、锌含量较丰富，南瓜作为高钙、高锌、高铁、低钠食品，特别适合中老年人和高血压患者食用，有利于预防骨质疏松症和防治高血压。
南瓜粉中含有18种氨基酸,其中人体必需氨基酸苏氨酸、结氨酸、蛋氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、色氨酸等均存在。还含有胡萝卜素、果胶、微量元素等成分。
碳水化合物含量占整个干物质的2/3左右。南瓜虽被当作蔬菜,但它的蛋白质含量却比较高,尤其是印度南瓜,蛋白质含量达到了1.9%；矿物质含量呈高钾、钙低钠型，测定每g果肉中含瓜氨酸20.9mg,尤其果肉中的维生素A含量居瓜菜之首。
南瓜中果胶物质含量较高，特别是靠近外皮的果肉及皮中更多。南瓜中果胶为低甲氧基果胶，在没有糖存在的情况下也能形成稳定的凝胶，是一种较好稳定剂，有利于改善南瓜粉的冲调性。
南瓜中的果胶有很好的吸附作用，能粘接、消除体内细菌毒素和其它有害物质，如重金属和放射性元素,具有抗环境毒物的作用，和多余的胆固醇连在一起，能预防和治疗动脉粥样硬化,在医学上，果胶和果胶的铝盐可抑制肠道对胆固醇和三酸甘油酯的吸收，可用作动脉硬化等心血管疾病的辅助治疗。
果胶能增加食物糜团的粘稠度，凝结物在小肠中阻碍糖的吸收，降低胰岛素的分泌。加上果胶在胃中停留的时间较长，从而延缓了糖的吸收过程。因此可以降低人体血液中血糖的浓度,对控制餐后血糖的上升也具有辅助作用。还能保护胃肠道粘膜不受粗糙食品刺激、促进伤口愈合；与膳食纤维结合可中和食物中残留的农药、亚硝酸盐等毒害物质；促进人体胰岛素分泌、帮助肝、肾功能减弱的患者增加肝、肾细胞再生能力，可作为预防特殊行业职业病的保健食品。
南瓜多糖纯品由D-葡萄糖、D-半乳糖、L-阿拉伯糖、木糖和D-研究表明,南瓜主要活性成分是南瓜多糖(pumpkinpolysaccharide,PP)。用大鼠进行试验,结果表明南瓜多糖有降低四氧嘧啶糖尿病大鼠血糖的作用,以消渴丸为对照组进行比较,结果显示:治疗组总有效率为87.13%,其中显效16例、有效10例;对照组总有效率为66.6%。2组比较,治疗组优于对照组(P0.01)。动物试验得出结论:南瓜多糖对糖尿病并发症的预防及治疗具有潜在意义。
从南瓜多糖的化学组成分析看,其中含有大量的糖醛酸,有较多带负电荷的酸性基团,故推测南瓜多糖可能有类似磷脂的作用,可清除胆固醇,也是较好的抗动脉粥样硬化的食疗剂。
南瓜果肉中含有一种有效成分CTY（环丙甘氨酸丙酸），据美国糖尿病研究中心发现，糖尿病的病因是患者缺乏一种Glut-Z蛋白质，该物质能促进胰岛素将血液中的葡萄糖输送到β细胞，降低血糖水平。由此发现南瓜中的有效成分CTY可增加Glut-Z蛋白质的含量，促进人体胰岛素的分泌，因而对糖尿病患者有惊人的疗效。
南瓜的胡萝卜素含量为西瓜的8.20倍，是维生素A的优质来源。此外,南瓜还含有葫芦巴碱、南瓜籽碱、可溶性纤维及甘露醇等功效成分。这些物质对人体具有极为重要的作用，是其它果蔬无可比拟的。
南瓜中类胡萝卜素同β-胡萝卜素一样，具有消除自由基、抑制肿瘤形成及动脉粥样硬化等功能。类胡萝卜素是很强的抗氧化剂，可以预防机体的氧化损伤。胡萝卜素能软化体内具有重要生理功能的对上皮组织的生长分化，维持正常视觉，促进骨骼发育等生理功能。
生物碱:南瓜中所含的生物碱、南瓜子碱、葫芦巴碱(0.-0.mg/g,干样)等有效成分能消除和催化分解致癌物质亚硝胺而有效防治癌症。葫芦巴碱可促进体内新陈代谢，增加膳食纤维的“充盈”作用，使人感到饱腹、减少饥饿、排泄物增多、减低脂肪积累、减肥和降低血糖的作用。
VA衍生物能降低肌体对致癌物质的敏感程度，稳定上皮细胞、防止癌变。甘露醇有较好的通大便作用，可减少粪便中毒素对人体的危害，对防止结肠癌有一定的功效。另外，纤维具有良好的减肥作用。
南瓜蒂可催吐，治疗黄疽、脐湿；南瓜根可补虚通乳；南瓜花具有清热、解痛、消肿、止血等作用，可治痢疾、发热、等症，还有祛痰止咳作用，中老年人用南瓜花沏水喝有益健康。
此外含有具降血脂、抗惊厥、恢复脑细胞功能和降压作用的γ-氨基丁酸及多肽类物质,这几种有效成分目前开展的研究刚刚起步,因此有关其功能成分的研究具有重要意义。
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